Non ci sono documenti precisi sulla nascita degli studi superiori a Camerino perché nel 1259 la città e gran parte dei suoi archivi furono distrutti dalle truppe di Manfredi. Il grande giurista e letterato Cino da Pistoia, in uno scritto del 1321, scriveva sulla regione della Marca come un esempio straordinario di “scuole giuridiche nate persino nei borghi”. La città di Camerino si distingueva per il fervore scolastico, contendendosi con Fermo il primato regionale.

Lo Studio camerte, attivo almeno dal XIII secolo con corsi di diritto civile, diritto canonico, medicina e discipline letterarie, fu il primo della regione a essere elevato come Studio Generale. Nel 1336 il nunzio apostolico Bertrando di Deaulx concesse a Camerino il diritto di nominare capitani delle arti, consiglieri, notai di curia e delle riformanze. Nel 1377 papa Gregorio XI, su richiesta di Gentile III da Varano, Signore di Camerino, autorizzò la città a conferire diplomi con validità apostolica a baccellieri e dottori, dopo il regolare esame.

Gli Statuti di Camerino del 1424 e 1560 garantivano la preminenza del Collegio dei dottori, stabilivano regole su stipendi e obblighi dei docenti. Tutelavano laureati e insegnanti in caso di mancati pagamenti.

La “nuova era” dell’Università di Camerino iniziò nel 1727 con la bolla di Benedetto XIII, che rifondò lo Studio con teologia, giurisprudenza, medicina e matematica. Nel 1753 l’imperatore Francesco Stefano I ne estese la validità delle lauree all’intero Sacro Romano Impero e conferì al rettore il titolo di Conte Palatino.

Dopo il periodo napoleonico, l’Università di Camerino fu ripristinata provvisoriamente da Pio VII nel 1816 e definitivamente consacrata da Leone XII nel 1824. Nel 1827 l’Ateneo assunse la sua struttura completa, con facoltà di Teologia, Giurisprudenza, Filosofia e Matematica, Medicina e Chirurgia, comprendenti Chimica e Farmacia.

Nel 1861, con l’annessione al Regno d’Italia, l’Università di Camerino divenne libera, mantenendo questo status fino al 1958, quando fu trasformata in università statale.